1. К настоящему времени, с учетом множества решений Конституционного суда РФ, устоялось понимание пени в налоговом праве как меры восстановительного характера, а не меры ответственности за совершение налогового правонарушения. При этом сумма пени исчисляется исключительно в зависимости от даты возникновения обязанности по уплате налога и даты фактического исполнения такой обязанности. Учитывая изложенное, даже если допустить весьма сомнительное предположение, что затягивание срока проведения налоговой проверки исключает вину налогоплательщика в просрочке уплаты налога, то это никак не влияет на исчисление суммы пени, определяемой независимо от вины налогоплательщика. То есть, по нашему мнению оспорить начисление пени по указанным Вами основаниям невозможно. К сожалению, арбитражная практика по настоящему вопросу нам не известна.

2. Само по себе отсутствие контрагента по месту регистрации не является основанием для отказа в возмещении НДС. Однако в некоторых случаях налоговые органы могут доказать недобросовестные действия налогоплательщиков, направленные исключительно на возмещение сумм налога из бюджета, и тогда суды встают на сторону налоговых органов. То есть, вопрос о возможности возмещения НДС Вашей организацией необходимо решать в зависимости от конкретных обстоятельств и имеющихся у Вас и налогового органа доказательств.

Кроме того, можем указать, что нарушение установленных сроков проведения налоговой проверки может являться основанием для отмены решения налогового органа, принятого по результатам такой проверки. Поскольку указанная мера, в конечном счете все равно приведет к неуплате пени, то она может оказаться более эффективной.